Pagoda di Jepang disebut tō (塔, lit. pagoda), kadang-kadang buttō (仏塔, lit. pagoda Buddha) atau tōba (塔婆, lit. pagoda) dan secara historis berasal dari pagoda Cina, yang merupakan interpretasi dari stupa India. Seperti stupa, pagoda pada awalnya digunakan sebagai relikui tetapi dalam banyak kasus mereka akhirnya kehilangan fungsi ini. Pagoda pada dasarnya adalah Buddhis dan merupakan komponen penting dari kompleks kuil Buddha Jepang tetapi, karena sampai Undang-undang Pemisahan para dewa dan Buddha tahun 1868, kuil Shinto biasanya juga merupakan kuil Buddha dan sebaliknya, mereka juga tidak jarang di kuil.